8 IX 1944 r. niemieccy kryminaliści zgrupowani w dwa bataliony Pułku Specjalnego SS „Dirlewanger” dokonała rzezi na mieszkańcach Warszawy w ruinach Teatru Wielkiego oraz zamordowała michalitów, wychowawców placówki z Marek – Strugi.
1 VIII 1944 r. we wczesnych godzinach porannych wysiedlono mieszkańców placówki wychowawczej w Markach Strudze. Wysiedlonych prowadzono do Warszawy. Po drodze w okolicach Marek-Pustelnika rozstrzelano kl. Kazimierza Wilusza i br. Franciszka Janusza. Dziś znajduje się tam krzyż niestety bez pamiątkowej tablicy informującej o mordzie michalitów. Wypędzona grupa wychowawców i wychowanków trafiła do Warszawy, w której o godz. 17.00 wybuchło Powstanie. Przedostali się oni na Stare Miasto i schronili się w budynku Metropolitalnego Seminarium Duchownego na Krakowskim Przedmieściu. W między czasie do Powstanie przyłączyli się inni wychowankowie i michaliccy klerycy, którzy decyzją Rady Generalnej, za prowadzenie niebezpiecznej działalności podziemnej i narażanie innych mieszkańców placówki wychowawczej na nieprzewidziane konsekwencje zostali wydaleni ze Zgromadzenia. Jednak wiadomość ta do nich nie dotarła bowiem zginęli w walce, broniąc Warszawy. Wysiedleni mieszkańcy placówki z Marek – Strugi przebywali w budynku seminarium do 8 VIII 1944 r. Wieczorem Specjalne Pułki SS Pułku Specjalnego SS „Dirlewanger”, którzy stanowili grupę niemieckich kryminalistów, którym obiecano ułaskawienia za służbę na rzecz III Rzeszy rozpoczęły ewakuację ludności, także z seminarium. Ok. godz. 2200 grupa wychowanków i wychowawców: księży, kleryków i brata zakonnego została przeprowadzona do Ogrodu Saskiego. Tam rozstrzelano ks. Andrzeja Płoszaja i ks. Wiktora Grzenie. Inny kapłan ranny od postrzału ks. Jan Zawada w kobiecym przebraniu uratował swoje życie. Grupa wychowanków oraz wychowawcy trafiła 9 VIII 1944 r. do przejściowego obozu w Pruszkowie. Tam rozstrzelano br. Józefa Ciska, kl. Edwarda Kosztyłę, i kl. Jana Brzozowskiego. Wychowankowie zostali wypuszczeni z obozu 12 VIII 1944 r. i dzięki znajomemu księdzu, który skierował ks. Zawadę do Młochowa zamieszkali w pałacu gdzie przyjął ich inż. Jacek Januszewski. Najmłodszych wychowanków przeniesiono do placówki wychowawczej w Pawlikowicach.